Bộ Chỉ huy

• Chỉ huy trưởng: 01 người, Đại tá (nhóm 6), thường là Phó Bí thư Đảng ủy Bộ chỉ huy BĐBP tỉnh
• Chính ủy: 01 người, Đại tá (nhóm 6), thường là Bí thư Đảng ủy Bộ chỉ huy BĐBP tỉnh
• Phó Chỉ huy trưởng kiêm Tham mưu trưởng: 01 người, Đại tá (nhóm 7), thường là Ủy viên Thường vụ Đảng ủy Bộ chỉ huy BĐBP tỉnh
• Phó Chỉ huy trưởng: 02 người, Đại tá (nhóm 7), thường là Ủy viên Thường vụ Đảng ủy Bộ chỉ huy BĐBP tỉnh
• Phó Chính ủy: 01 người, Đại tá (nhóm 7), thường là Ủy viên Thường vụ Đảng ủy Bộ chỉ huy BĐBP tỉnh

Khối Cơ quan

• Văn phòng. Chánh Văn phòng đeo quân hàm Thượng tá
• Phòng Tham mưu: Tham mưu trưởng - Đại tá, Tham mưu phó và trọ lý - Thượng tá
• Phòng Chính trị: Chủ nhiệm chính trị - Đại tá, Phó Chú nhiệm và các trợ lý - Thượng tá
• Phòng Hậu cần-Kỹ thuật: Chủ nhiệm - Thượng tá
• Phòng Trinh sát: Trưởng phòng - Đại tá
• Phòng Phòng chống tội phạm Ma túy: Trưởng phòng - Đại tá
• Ban Tài chính: Trưởng ban - Trung tá

Khối đơn vị

• Các Hải đội Biên phòng
• Các Đại đội, Tiểu đoàn Cơ động
• Đội đặc nhiệm phòng chống Ma túy
• Tiểu khu Biên phòng
• Tiểu đoàn (Đại đội) Huấn luyện
• Tính chung quân số bộ đội biên phòng mỗi tỉnh không cố định. Bộ đội biên phòng tỉnh Ninh Bình có quy mô nhỏ nhất (khoảng 300 chiến sĩ), Bộ đội biên phòng tỉnh Nghệ An có quy mô lớn nhất (gần 2.500 chiến sĩ), các tỉnh khác hầu hết phổ biến ở mức 1.000-1.500 chiến sĩ)